سلام.
اگر منظورتان مشابه سیستم های پیام رسانی انجمن ها است، باید ببینید که قصد دارید کاربر دوم چگونه مطلع شود که کاربر اول برای وی پیام فرستاده است.
یعنی وقتی به سایت سر می زند، مطلع شود و یا مثلا به وی یک ایمیل ارسال کنیم که پیامی برای او ارسال شده است.

معمولا پیام ها در یک جدول از پایگاه داده ذخیره می شوند. سپس روش های مختلفی برای مطلع کردن کاربر می تواند به کار رود :
1- ارسال ایمیل به وی که به سایت مراجعه کرده و پیام ذخیره شده را بخواند
2- ارسال ایمیل به وی و خود پیام نیز در ایمیل ذکر شود (معمولا در این حالت، پیام در سایت نیز ذخیره می شود)
3- نمایش یک پیام به کاربر در بخشی از سایت، که هرگاه کاربر به سایت مراجعه نمود، مثلا در header سایت یک پیام به وی نمایش داده شود (در سایت، بر اساس id کاربران چک می کنیم که پیامی برای آنها وجود دارد یا خیر).
4- ترکیب حالت های بالا

----------------------------------------------------

اگر منظورتان چت (chat) می باشد که به محض ارسال پیام، کاربر آنلاین دیگر مطلع شود، معمولا روش هایی مثل Ajax به کار می روند که هر چند لحظه یک بار، بدون load شدن دوباره صفحه، به جدول حاوی پیام ها مراجعه می شود و اگر پیام جدیدی ثبت شده باشد، آن را دریافت کرده و در صفحه نمایش می دهد.