سلام.
زمانی که شما آدرس فایل های مورد نظر را داشته باشید (در یک آرایه که در PHP تعریف شده است)، دیگر ذخیره آنها در پایگاه داده MySQL زیاد دشوار نخواهد بود.
ابتدا ببینید که کدهایی که از آنها استفاده می کنید، مسیر (یا نام) فایل را در کدام آرایه ذخیره می کنند، سپس تعداد عناصر آرایه را با تابع count در PHP به دست آورید. آنگاه یک حلقه for می سازید که بر اساس تعداد عناصر آن آرایه است، درون حلقه، تک تک عناصر آرایه را در پایگاه داده ذخیره می کنید. پایگاه داده را شامل دو ستون بسازید، مثلا اولی با نام id و به صورت INT و با مشخصه Auto Increment و دومی را با نام path و به صورت VARCHAR (زیرا در آن متن ذخیره می کنیم). من خودم برای ساخت پایگه داده، معمولا به صورت گرافیکی، در خود phpMyAdmin ، پایگاه داده را می سازم. به بخش آموزش MySQL سایت مراجعه کنید، تمامی این موارد در آنجا ذکر شده است. برای قرار دادن ردیف جدید در پایگاه داده MySQL ، از INSERT استفاده می شود.