بله PHP به صورت server side اجرا میشه (کدهای آن توسط سرور اجرا می گردد و کاربر به آنها دسترسی نخواهد داشت) ولی javascript به صورت client side می باشد و کاربر به کدها دسترسی پیدا می کند. بنابراین مسائل امنیتی سایت باید با PHP باشد تا اطلاعات به سرقت نرود.
در ضمن، کاربر می تواند اجرای  javascript در مرورگر اینترنت را از کار بیندازد، بنابراین قسمت های خیلی مهم سایت نباید با  javascript اجرا شوند.
در کل به نظرم تمرکزتون بر روی PHP باشه، اما از کدهای آماده  javascript نیز برای زیباتر شدن سایت یا افزودن امکانات جالب به سایت، استفاده نمایید (تا دلتون بخواد کد آماده javascript  وجود داره و معمولا هم نیازی به درک ساختار آنها نیست).