چنانچه بخواهید برنامه ای طولانی و پیچیده بنویسید، دیگر پنجره Command جوابگوی نیاز شما نیست و به محیطی فراتر از آن برای نوشتن دستورات و تصحیح کردن آنها نیاز دارید. متلب برای این گونه موارد، امکان ساخت m-file ها را فراهم کرده است. شما می توانید در یک m-file ، تمامی دستورات خود را نوشته و تنها بر روی یک دکمه گرافیکی کلیک کرده و سپس نتیجه اجرای دستورات را در پنجره Command ببینید.

ساخت یک m-file در متلب :

برای ساخت یک m-file جدید می توانید از هر یک از روش های زیر استفاده کنید :
1- در بالای پنجره اصلی نرم افزار متلب، بر روی گزینه New script کلیک کنید. این گزینه به شکل می باشد.
2- با نگه داشتن کلید Ctrl و فشار دادن کلید N از کیبورد، این کار را انجام دهید.
3- در پنجره Command بنویسید edit و سپس کلید enter از کیبورد را فشار بدهید.
هر یک از روش های بالا را که انتخاب کنید، نتیجه این است که متلب یک پنجره خالی باز می کند که می توانید در آن، دستورات خود را اجرا کنید.
توصیه می شود اولین دستوری که در یک m-file می نویسید، دستور clear all باشد تا تمامی متغیرهایی که قبلا در متلب تعریف شده است را پاک کند و اختلالی در روند اجرای برنامه ایجاد نشود.
باید دقت داشته باشید که در نرم افزار متلب، m-file ها برای دو هدف اصلی به کار می روند، کاربرد اول آن نوشتن برنامه های پیچیده و طولانی و کاربرد دوم آن ساخت تابع می باشد. ساخت تابع با استفاده از m-file را در مباحث بعدی توضیح خواهیم داد. در این مبحث تنها در مورد نوشتن برنامه در m-file ها صحبت خواهیم کرد.
پس از آنکه دستورات برنامه را در m-file نوشتیم، ابتدا باید با استفاده از گزینه Save در بالای همان پنجره m-file ، آن را ذخیره کنیم. همچنین با نگه داشتن کلید Ctrl و فشار دادن کلید S ، می توانید این کار را انجام دهید.
سپس برای اجرای برنامه، باید بر روی گزینه Save and run که به شکل می باشد، کلیک کنید تا نتایج برنامه در پنجره Command نمایش داده شود. همانطور که از نام این گزینه مشخص است، این گزینه، عمل ذخیره کردن را هم انجام می دهد، یعنی اگر تغییراتی در برنامه ایجاد کنید و سپس بر روی این گزینه کلیک کنید، این تغییرات در m-file ذخیره می شود. اگر قبلا فایل ذخیره نشده باشد، ابتدا از شما می خواهد که نامی برای آن انتخاب کرده و سپس آن را ذخیره کنید.
m-file ها دارای پسوند m می باشند (به عنوان مثال : program.m).

اجرای دستورات درون یک m-file بدون باز کردن آن :

حتی بدون باز کردن یک m-file نیز می توان برنامه نوشته شده در آن را اجرا کرد. برای این منظور باید ابتدا پنجره Current Folder به گونه ای باشد که فولدر حاوی m-file مورد نظرمان را نمایش بدهد (البته می توان مسیر فایل را به نرم افزار متلب اضافه کرد، ولی فعلا در این مورد توضیحی نمی دهیم). فرض کنید نام m-file حاوی برنامه، program.m باشد، بنابراین باید نام فایل program.m را در پنجره Current Folder ببینیم. سپس تنها کافی است که در پنجره Command بنویسیم program و سپس کلید enter از کیبورد را فشار دهیم. دقت شود که نباید پسوند .m نوشته شود. نتیجه اجرای دستورات در پنجره Command نمایش داده خواهد شد.

نوشتن توضیحات در m-file :

زمانی که یک برنامه طولانی بنویسید، به دلیل حجم زیاد دستورات، ممکن است بخشی از روند برنامه نویسی را فراموش کنید. گذشت زمان نیز بسیار تاثیرگذار است و گاهی آن قدر از زمان نوشتن برنامه گذشته است که خود برنامه نویس مجبور می شود برنامه را بارها بخواند تا درک کند که از چه روش هایی استفاده کرده است و گاهی نوشتن یک برنامه جدید به صرفه تر است و زمان کمتری نیاز دارد. بر حسب تجربه، ثابت شده است که با استفاده از 2 تکنیک زیر، می توان این مشکل را تا حد زیادی برطرف کرد :
1- انتخاب هوشمندانه نام متغیرها به گونه ای که هدف استفاده از آنها را بتوان از نامشان به طور کامل درک کرد.
2- می توانیم هنگام نوشتن برنامه، توضیحاتی را در کنار کدها بنویسیم، تا با خواندن آنها خود برنامه نویس یا هر شخص دیگری به راحتی درک کند که روش های استفاده شده در برنامه چیست.

در متلب چنانچه از علامت درصد (%) استفاده کنیم، تمامی نوشته های بعد از علامت درصد، به صورت توضیح در نظر گرفته می شوند. به مثال زیر توجه کنید :

باید دقت داشته باشید که متلب نوشته های بعد از علامت درصد را تنها در خط فعلی، به صورت توضیح در نظر می گیرد و نوشته های خط بعد را به صورت دستور (نه توضیح) در نظر خواهد گرفت. بنابراین چنانچه بخواهیم توضیحاتی را در چند خط پشت سرهم بنویسیم، باید در ابتدای هر کدام از آن خط ها، از علامت درصد استفاده کنیم. به مثال زیر توجه کنید :