سلام.
بله بهترین راه این است که ابتدا لیست (آرایه - Array) شامل مجموع آن دو لیست را بسازیم و بعد به سراغ کدهای اصلی برویم.
برای ترکیب دو آرایه (Array)، لینک زیر را ببینید :

http://stackoverflow.com/questions/80476...ys-in-java

---------------------------

در ضمن، چون با فایل ها سر و کار دارید، باید این را هم بدانیم که هر فایل، در کدام پوشه بوده، بنابراین می توانید یک آرایه (Array) از جنس عدد (int) هم با همان طول بسازید و در آن، مقدار هر عنصر باید برابر 1 یا 2 باشد، که 1 یعنی در پوشه اول و 2 یعنی در پوشه دوم. راه ساده تر هم اینه که تعداد فایل های پوشه اول را داشته باشیم تا با آن متوجه شویم که از کدام عنصر به بعد (در آرایه)، فایل ها مربوط به پوشه دوم می باشند.