بنده پیشنهاد می کنم که recompile را توسط برنامه eclipse انجام بدهید (export کردن پروژه اندروید در برنامه eclipse که فایل apk را به ما می دهد)(کلید شماره 210). یعنی وقتی پروژه اندروید را توسط AutoAPKTool به دست آوردید، پوشه حاوی آن را به محلی دیگر کپی کنید، سپس پروژه اندروید را به درون برنامه eclipse، وارد (import) نمایید (کلید شماره 321). وقنی پروژه را در برنامه eclipse وارد کردید، در آنجا تمامی خطاها نمایش داده می شود و می توانید در جهت رفع آنها اقدام کنید. 
بنده با AutoAPKTool کار نکرده ام و نمی دانم که تنظیمات خاصی دارد یا خیر که با اعمال آنها، دیگر این مشکلات پیش نیاید، ولی در کل، اگر راه حلی پیدا نکردید، بررسی پروژه اندروید در برنامه eclipse توصیه می شود.