سلام.
در سوالتان گفته بودید ((انتگرال دوگانه)) که فکر کنم منظورتان همان ((تبدیل فوریه دوگانه)) می باشد.
معمولا در شبیه سازی ها، ما مقادیر تابع برای x و y های مختلف را به صورت یک ماتریس دو بعدی داریم. در نرم افزار متلب، دستور fft برای گرفتن تبدیل فوریه از مقادیر گسسته به کار می رود. اما این کار را تنها در یک جهت مشخص انجام می دهد، بنابراین ما باید از ماتریس مورد نظر، یک بار در جهت x و یک بار هم در جهت y ، با دستور fft ، تبدیل فوریه بگیریم.
بنابراین یک بار از دستور fft استفاده کنید، سپس برای اینکه در جهت دیگر نیز تبدیل فوریه بگیریم، با علامت ' جای ستون ها و سطرها را عوض می کنیم و سپس با دستور fft تبدیل فوریه می گیریم و در آخر، نتیجه را با علامت ' به گونه ای تغییر می دهیم که جای ستون ها و  سطرها دوباره مثل اول شود. در مورد علامت ' که برای محاسبه ترانهاده یک ماتریس به کار می رود، کلید زیر را بخوانید :

http://www.kelidestan.com/keys/keys.php?key=86

البته دستور fft2 نیز وجود دارد، بنابراین نگاهی هم به آن بیندازید و ببینید که کدامیک مد نظرتان می باشد.