من پروژه اندروید رو در برنامه eclipse ایجاد می کنم (یا اگر قبلا آن را ساخته باشم، آن را import می کنم)، بعد کدهای مورد نظرم برای برنامه اندروید را در آن نوشته و سپس فایل APK می سازم. برای آشنایی با چگونگی ساخت فایل APK از پروژه اندروید در برنامه eclipse ، کلید زیر را بخوانید :

http://www.kelidestan.com/keys/keys.php?key=210

دقت داشته باشید که برنامه eclipse ، زمانی که می خواهیم فایل APK از پروژه اندروید بسازیم، پروژه را خطایابی می کند و اگر مشکلی در ساختار آن پیدا کند، تذکر می دهد و فایل APK را نمی سازد. 
عکسی که گذاشتید را دیدم، اصلا پسوند فایل ها java نیست ! پسوند فایل ها را به صورت smali ایجاد کرده و این یعنی برنامه decompiler مشکل دارد (من تا حالا چیزی در مورد فایل با پسوند smali نشنیدم).
اگر شما فایل های پروژه اندروید را دارید و فایل APK آن را هم دارید و بعد از یک برنامه decompiler استفاده می کنید و فایل هایی که به شما می دهد، با فایل های پروژه متفاوت است و قابل استفاده نیست (فایل APK را برنامه eclipse نمی سازد و خطا می دهد)، دیگر شک نکنید که مشکل از برنامه decompiler است.