سلام.
بله با استفاده از برنامه هایی مثل winzip و winrar ، نمی توان کدهای فایل هایی همانند AndroidManifest.xml را خواند (به دلیل تفاوت در encoding).
مارکت ها از apk parser استفاده می کنند که ممکن است بر مبنای java یا PHP یا Python یا هر زبان برنامه نویسی دیگری باشد.
عبارت apk parser به همراه نام زبان برنامه نویسی مورد نظر را جستجو کنید و پروژه های موجود در سایت هایی مثل github.com را بررسی نمایید.