خوب میتونید گزینه ذخیره سازی خودکار رو فعال کنید

از قسمت
Eclipse->Window->Preferences->General->workspace

گزینه
Save Automatically before Build
رو بزنید و از قسمت WorkSpace Save Interval زمان ذخیره سازی رو با دقیقه تعیین کنید
که هر چند دقیقه یک بار تغییرات رو ذخیره کنه