سلام.
بنده با پایگاه داده MySQL کار کرده ام (در هاست --> سرور اینترنتی) و در این زمینه، مشکلی به وجود نمی آید. یک پایگاه داده با 6000 ردیف، تقریبا پایگاه داده کوچکی است. محدودیت در میزان اطلاعات ستون ها (Columns) وجود دارد، اما محدودیتی برای تعداد ردیف ها (Rows) نیست و اگر query را درست بنویسید، سرعت هم پایین نخواهد بود. مثلا اگر جدولی دارای 50000 ردیف است و شما می خواهید 1000 تای آخر را بخوانید، ممکن است شخصی با query ابتدا همه ردیف ها را از جدول گرفته و بعد در بخش While شرط بگذارد که تنها 1000 تا نمایش داده شود، در صورتی که این روش غلط است و باید در همان query ، از محدودیت خواندن از پایگاه داده به اندازه 1000 ردیف استفاده می کرد. مثل این query :


و سایر شیوه های خواندن از جدول های بزرگ هم به گونه ای است که اگر query را درست بنویسیم، از نظر سرعت به مشکل برنمی خوریم.
بنده با جدول تا 30000 ردیف هم کار کرده ام و از این نظر، مشکلی نداشتم.
برنامه نویسانی هستند که بیان کرده اند، جدولی در سایتشان با تعداد ردیف میلیونی (مثلا یک میلیون و چند صد هزار) دارند و مشکل خاصی هم با آن نداشته اند. کاملا هم طبیعی است چون برای گسترش سایت ها، باید محدودیتی در تعداد ردیف نباشد تا در هنگام افزوده شدن اطلاعات جدید، جدول در جهت ردیف، گسترش یابد و ماهیت پایگاه داده و شیوه های خواندن از آن هم به گونه ای است که سرعت پایین نیاید و منابع سخت افزاری سرور هم اشغال نشوند.