بله.....خواهش میکنم.
من فایلAPK رو با نرم افزار Auto APK Tool دیکامپایل میکنم.(ورژن قدیمی این نرم افزار،مشکل داشت و فایل رو ناقص دیکامپایل میکرد،اما ورژن 4.1 نصبتا بهتره)
بعد پروژه ی ساخته شده رو به داخل اکلیپس پورت میکنم.ببینید،فکر نمیکنم هیچ برنامه ای باشه که فایل APK رو به صورت کامل کامل دیکامپایل کنه.
وقتی پوشه های برنامه به داخل اکلیپس پورت شد،خودشم یه فایل ها و پوشه هایی رو میسازه و پروژه کامل میشه.البته به جز Activity ها.
بعدشم براساس خواسته ی خودم،یه سری تغییرات ایجاد میکنم.برای تغییر Package name هم از اون روش دوم تغییر Package name که شما شرح داده بودید استفاده میکنم(تاحالاش که جواب داده).
بعدش که ویرایش تموم شد،میرم سراغ فایل های پروژم که حالا اضافه تر شده.(چون داخل اکلیپس پورت شده بود)
و بعد برنامه ی Auto apk tool رو اجرا میکنم،برنامه رو ریکامپایل میکنم و بعد ساینش میکنم.
شاید راه استانداردی نباشه.ولی من روی چندتا نرم افزار این کاررو انجام دادم،جواب داده.