سلام.
اگر محیط شما دو بعدی باشد، بنابراین هر نقطه دارای مختصات x و y است.
می توانید تعدادی متغیر با پسوندهای x و y نقاط بسازید و بعدا آنها را با نام شناسایی خواهید کرد. مثلا فرض کنید که مختصات یک نقطه، x=2 و y=3 است، شما متغیری با نام A_2_3 می سازید و ماتریس مورد نظر برای آن نقطه را در این متغیر ذخیره می کنید.
مبحث زیر را بخوانید (توضیحاتی در مورد چگونگی تعریف تعداد زیادی متغیر با نام های مشابه، ارائه داده است) :

http://www.kelidestan.com/matlab/matlab-154.php

تنها به شیوه تعریف نام متغیر توجه کنید.

البته این پیشنهاد بنده است و ممکن است راه های بهتری برای شما وجود داشته باشد که بستگی به نوع برنامه شما دارد.